Kötü nefes kokusunun nedeni çok çeşitlidir. Kötü nefes kokusundan şikayetçi hastaların % 90’ına yakın kısmında neden ağız kaynaklıdır. Kötü ağız hijyeni olanlarda ağızda, dil, diş etlerinde ve tükrükte çok sayıda bakteri bulunmaktadır. Bu bakterilerin çıkardıkları gazlar kötü kokuya neden olmaktadır.
Karaciğer, pankreas ve böbrek yetmezliklerinde, akciğer hastalıklarında, çeşitli ilaçların kullanımında kötü nefes kokusu olabilmektedir.
Sindirim sistemi hastalıklarından reflü hastalığında, midenin boşalmasının geciktiği durumlarda, yemek borusunun hareket bozukluklarında da kötü nefes kokusu görülebilir.
Mide ülserine sebep olan helikobakter pilori mikrobununda ağız kokusuna sebep olduğuna dair bulgular vardır. Nefesinde daha şiddetli kötü koku bulunanlarda bu mikrobun varlığı daha yüksek oranda olduğu bulunmuştur.
